横滨足球俱乐部于1999年成立，当时横滨市两大球会：横滨飞翼和横滨水手合并后的第二年，一些横滨飞翼的球迷不认为自己应该支持合并后的横滨水手，因为实际上飞翼已经解散，和横滨水手是横滨飞翼的同市死敌。所以，他们向公众募捐，与国际管理集团结盟，和集合横滨飞翼的球迷，成立了横滨Fulie体育会（Yokohama Fulie Sports Club）。然后他们仿效巴塞罗那采用的社会学模式，在Fulie体育会下成立了横滨FC。这是日本首间由球迷拥有和经营的球会。
赛事排名
| 赛季 | 排名 | 胜 | 平 | 负 |
|---|---|---|---|---|
| 2024 日职乙 | 2 | 22 | 10 | 6 |
| 2023 日职 | 18 | 7 | 8 | 19 |
| 2022 日职乙 | 2 | 23 | 11 | 8 |
| 2021 日职 | 20 | 6 | 9 | 23 |
| 2020 日职 | 15 | 9 | 6 | 19 |
| 2019 日职乙 | 2 | 23 | 10 | 9 |
| 2018 日职乙 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| 2018 日职乙 | 3 | 21 | 13 | 8 |
| 2017 日职乙 | 10 | 17 | 12 | 13 |
| 2016 日职乙 | 8 | 16 | 11 | 15 |
| 2015 日职乙 | 15 | 13 | 13 | 16 |
| 2014 日职乙 | 11 | 14 | 13 | 15 |
| 2013 日职乙 | 11 | 15 | 13 | 14 |
| 2012 日职乙 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| 2012 日职乙 | 4 | 22 | 7 | 13 |
| 2011 日职乙 | 18 | 11 | 8 | 19 |
| 2010 日职乙 | 6 | 16 | 6 | 14 |
| 2009 日职乙 | 16 | 11 | 11 | 29 |
| 2008 日职乙 | 10 | 11 | 17 | 14 |
| 2007 日职 | 18 | 4 | 4 | 26 |